Dne 2. dubna 2013 byl vyměněn do Boston Bruins za duo mladíků Lane MacDermid a Cody Payne spolu s dvěma volbami v draftu 2013.
Jágr se tak po několika měsících v Dallasu vrací do východní konference.
V novém působišti se setká mimo jiné i s krajanem Davidem Krejčím a se slovenským obráncem Zdenem Chárou, který je kapitánem mužstva.
Za Bruins nasbíral celkem 9 bodů z toho 2 góly a 7 asistencí.